Tradycje Wydziału Energetyki i Paliw sięgają lat 50. ubiegłego stulecia i tkwią w naukach chemicznych i technicznych ściśle związanych z podstawowymi pionami Uczelni: górniczym i hutniczym. Podwaliny Wydziału stanowiły Zakład Chemii Górniczej (1946 - 1971) Wydziału Górniczego oraz Zakład Koksownictwa (1956 - 1973) Wydziału Metalurgicznego. W 1974 r. z tych dwóch jednostek został utworzony Instytut Energochemii Węgla i Fizykochemii Sorbentów, na prawach wydziału AGH. Nowa placówka powstała w związku z intensyfikacją w Polsce w latach 70. badań nad energochemicznym przetwórstwem węgla i potrzebą kształcenia specjalistów z tego zakresu.

28 maja 1991 r. Senat AGH (w oparciu o Ustawę o Szkolnictwie Wyższym z 12 września 1990 r.) podjął decyzję o zmianie statusu Instytutu, który przekształcił się w kolejny - dwunasty wydział Uczelni: Wydział Energochemii Węgla i Fizykochemii Sorbentów. Wydział ten kontynuował kształcenie specjalistów w zakresie energochemicznego przetwórstwa węgla na kierunku technologia chemiczna, a równocześnie podjął działania związane z unowocześnieniem i uatrakcyjnieniem swojej oferty dydaktycznej. Rosnące znaczenie techniczne i ekonomiczne przetwarzania surowców energetycznych w użyteczne paliwa oraz problemy energetyczne we współczesnym świecie zaowocowały utworzeniem nowej specjalności: paliwa i energia (Uchwała Senatu AGH z dn. 27 kwietnia 1994 r.) w ramach prowadzonego kierunku kształcenia.

19 kwietnia 1995 r., Uchwałą Senatu AGH, zmieniona została dotychczasowa nazwa Wydziału na: Wydział Paliw i Energii. Równocześnie Wydział nawiązał ścisłą współpracę z Centrum Podstawowych Problemów Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią PAN oraz Fundacją na Rzecz Efektywnego Wykorzystania Energii - włącznie z zatrudnieniem pracowników z tych jednostek. Nastąpił znaczny wzrost zarówno kadry nauczającej, jak i uczących się, zwłaszcza w zakresie szeroko pojętej energetyki.

Wydział włączał się aktywnie w inicjatywy podejmowane w Akademii Górniczo-Hutniczej, rozszerzające ofertę dydaktyczną dla studentów. W kwietniu 2003 r. był współzałożycielem Międzywydziałowej Szkoła Energetyki, delegując do Rady Programowej tej szkoły, liczącej 15-tu członków ze stopniem naukowym co najmniej doktora habilitowanego, dwóch swoich przedstawicieli (prof. A. Guła oraz dr hab. inż. W. Suwała). W 2008 r. powiększył liczbę swoich przedstawicieli w tej Radzie do czterech (dodatkowo, dr hab. inż. A. Strugała oraz dr hab. inż. Jan Górski). Utworzenie dyscypliny naukowej energetyka w grudniu 2008 r. stanowiło istotny bodziec do intensyfikacji zmian strukturalnych w Akademii Górniczo-Hutniczej. W planie rozwoju Uczelni, Rektor AGH wyraził wolę likwidacji Międzywydziałowej Szkoły Energetyki i przyłączenia jej do Wydziału Paliw i Energii w roku 2009. Było to wyrazem ugruntowania się pozycji Wydziału w strukturach AGH i przekonania Władz Rektorskich, że kadra Wydziału podoła temu trudnemu zadaniu. W grudniu 2008 r. została przez Senat AGH zatwierdzona zmieniona nazwa Wydziału na Wydział Energetyki i Paliw. Nowa nazwa stanowiła pierwszy, formalny krok inicjujący dalszy rozwój Wydziału, powiększenia jego kadry i zaplecza, tak aby mógł on prowadzić kształcenie na dwóch kierunkach: energetyka i technologia chemiczna.