Po etapie krystalizacji magmy, w trakcie której powstają skały magmowe (stadium ortomagmowe) następują etapy pneumatolityczny i hydrotermalny, który czasem może zostać zastąpiony etapem ekshalacyjnym (Bolewski & Parachoniak 1986). W końcowym etapie krystalizacji magmy mogą powstawać pegmatyty zawierające minerały bogate w składniki lotne (amfibole, miki). W etapie pneumatolityczny magma resztkowa jest wzbogacona w składniki krystalizujące w niższych temperaturach. Faza gazowa oddziałuje z wykrystalizowanymi wcześniej minerałami. Powstają wtedy miki litowe, turmalin, topaz, beryl, kasyteryt, wolframit, molibdenit i inne.
Pomiędzy właściwym etapem magmowym a etapem pneumatolitycznym wyróżniamy etap pegmatytowy (in.epimagmowy). Najważniejszą rolę odgrywają wtedy resztki magmowe składające się głównie z krzemianów silnie rozrzedzonych przez fazę gazową. Krystalizują wtedy pegmatyty - skały żyłowe cechujące się grubokrystalicznością. Krystalizacja skał żyłowych jest uwarunkowana tektoniką i powstawaniem szczelin kontrakcyjnych, które tworzą się w wyniku rozładowania naprężeń w górotworach związanych ze stygnięciem magmy. Roztwory zawierające resztki pomagmowe wędrują ku górze wykorzystując szczeliny i rozluźnienia w skałach. W pustkach tych dochodzi do krystalizacji często dużych osobników minarałów o pokrojach własnopostaciowych. Duże znaczenie mają też reakcje zachodzące pomiędzy resztkami magmowym a wcześniej wykrystalizowanymi minerałami. Na skutek wymiany jonów (metasomatoza) powstają nowe, czasami rzadkie minerały.
Pegmatyty są skałami magmowymi lub metasomatycznymi z typowymi dużymi i wielkimi kryszatałami skaleni alkalicznych, kwarcu, mik i innych minerałów. Z reguły wykazują skład mineralny zbliżony do skał magmowych, z którymi są związane. Występują w formach pni, dajek, nieregularnych żył, soczewek, gniazd i brzeżnych stref masywów magmowych (Ryka & Maliszewska 1982). Mogą być związane z różnymi typami skał magmowych dlatego wyróżniamy:
Najbardziej rozpowszechnione są pegmatyty granitoidowe. Powstają one w peryferyjnych częściach masywów granitoidowych. Sięgają do 2-3 km w ich głąb i na podobną odległość penetrują skały otaczające plutony. Cechą charakterystyczną pegmatytów granitoidowych jest olbrzymia zmienność składników mineralnych. Może w nich występować ponad 280 różnych minerałów. Najważniejszymi są jednak: kwarc, miki, topaz, turmaliny, beryl, miki litowe, apatyt i fluoryt. Minerały często tworzą duże osobniki. Pegmatyty granitoidowe mają z reguły proste składy mineralne, stąd wyróżnia się:
Pegmatyty skaleniowe zbudowane niemal wyłącznie z kwarcu i skaleni alkalicznych (ortoklaz, mikroklin, albit, pertyt). Wykształcone są jako granity pismowe, w których kwarc tworzy prawidłowo zorientowane wrostki tkwiące w masie skaleni alkalicznych (zob. granitoidy pismowe). Pokrewne są im pegmatyty mikowe z dużymi kryształami muskowitu, flogopitu lub biotytu.
Pegmatyty berylowe, turmalinowe i topazowe zawierające duże kryształy mik, berylu, topazów lub turmalinów.
Pegmatyty kryolitowe zawierające minerały litu, np. amblygonit i spodumen.
Pegmatyty uranowe i torowe zawierające minerały promieniotwórcze uranu i toru.
Pegmatyty ziem rzadkich zawierające niobiany, tantalany, cyrkoniany i tytaniany ziem rzadkich.
Pegmatyty kruszcowe będące urozmaiconą grupą skał żyłowych dzielącą się na odmiany cynonośne z kasyterytem, wolframitowe, molibdenowe, tytanowe, miedzionośne, złotonośne.
Pegmatyty litowe zawierające minerały fluoru, np. chiolit.
Pegmatyty z pustkami skalnymi są w bibliografii nazywane miarolitycznymi lub druzowymi, a zawarte w nich druzy nazywane są miarolami (Janeczek 1985). Wielkie druzy (nawet do kilku metrów) są nazywane komorami. W pegmatytach takich często dochodzi do strefowego ułożenia minerałów. Miarole często wypełnione są własnopostaciowymi kryształami minerałów ostatnich stadiów krystalizacji magmy, takimi jak kalcyt, syderyt, smektyty, epidot, stilbit. Często tworzą one szczoty krystaliczne. Z reguły otacza je strefa zbudowana z szarego kwarcu tworzącego jądro żyły pegmatytowej. Za nią występuje strefa przerostów pismowych. Nieco dalej występują strefy aplitowe wzbogacone w skalenie alkaliczne. Najbardziej zewnętrzne części żył pegmatytowych są często wzbogacone w szliry biotytowe.